คณะวิทยาการจัดการ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ได้ดำเนินการสอนหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา ตั้งแต่ พ.ศ.2532 จนถึงปัจจุบัน โดยเปิดรับนักศึกษาระดับบัณฑิตศึกษาหลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต ภาคสมทบ (M.B.A.) เป็นหลักสูตรแรก และเปิดหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษาอื่นๆ ตามลำดับ ดังนี้

• พ.ศ. 2535 เปิดสอนหลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรมหาบัณฑิต ภาคสมทบ (M.P.A)
  
• พ.ศ. 2542 ขยายการเปิดสอนระดับปริญญาโทหลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรมหาบัณฑิต ภาคสมทบ (M.P.A) ไปยัง วิทยาเขตตรัง
• พ.ศ. 2543 เปิดสอนหลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรมหาบัณฑิต ภาคปกติ (M.P.A.)
• พ.ศ. 2552 เปิดสอนหลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต หลักสูตรนานาชาติ ภาคสมทบ (M.B.A. International Program) และระดับปริญญาเอก หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการ (Ph.D. Managemant)
• พ.ศ. 2553 เปิดสอนหลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการการท่องเที่ยว ภาคสมทบ (M.B.A. Tourism Management)
• พ.ศ. 2554 เปิดสอนหลักสูตรบัญชีมหาบัณฑิต ภาคสมทบ (M.Acc.)
• พ.ศ. 2556 เปิดสอนหลักสูตรบัญชีมหาบัณฑิต ภาคปกติ (M.Acc.)
• พ.ศ. 2558 เปิดสอนหลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต สาขาวิชาการตลาด ภาคสมทบ (M.B.A. Marketing)